Предположим, раздел fat32 флешки примонтирован в директорию /mnt, следовательно команда выглядит следующим образом:
grub-install —removable —target=x86_64-efi —boot-directory=/mnt/boot —efi-directory=/mnt
Как мы видим, указывать в —efi-directory нужно именно корень флешки, а не ./boot/EFI или ./EFI.