Браузер Maxthon хранит плагины в директории с файлами программы в папке Core\plugins. Для отключение флеша необходимо удалить (или переместить) файл pepflashplayer.dll, который находится по пути ниже, полный путь при стандартной установки на 64-х битную систему Windows выглядит так:
C:\Program Files (x86)\Maxthon5\Core\plugins
После удаления файла и следующем запуске флеш больше не будет работать.